D’après une étude réalisée conjointement par le Prof. Adi Stern de l’Ecole de biomédecine de l’Université de Tel-Aviv et l’Institut de recherche de la Clalit, une des principales caisses de maladie en Israël, le variant sud-africain du Covid-19 parvient dans une certaine mesure à franchir les défenses procurées par les deux doses du vaccin Pfizer. La protection du vaccin contre ce variant est donc moins bonne que celle qu’il fournit contre le virus d’origine et contre son variant britannique. Les chercheurs relèvent cependant qu’à ce stade, la réduction exacte du taux d’efficacité du vaccin ne peut être évaluée avec precision, mais qu’il ne baisse pas de manière drastique, compte tenu de la faible propagation du variant sud-africain, qui reste très rare en Israël.
Les chercheurs ont examiné quelque 400 patients des services de santé Clalit testés positifs au Covid 14 jours ou plus après avoir reçu la première dose du vaccin, et 400 autres patients non vaccines, présentant des caractéristiques similaires d’âge, d’appartenance communautaire, de sexe, de lieu de résidence etc., testés positifs au virus à la même période. Tous les échantillons viraux ont subi un séquençage génétique qui a montré une prévalence de moins de 1% du variant sud-africain parmi l’ensemble des contaminés. Cependant, chez les individus infectés après avoir reçu les deux doses du vaccin, ce taux était 8 fois plus élevé que chez les personnes non vaccinées, parmi lesquelles le virus originel et le variant britannique étaient les plus fréquents. Cela signifie que les deux doses du vaccin Pfizer-Biontech, n’offrent probablement pas le même niveau de protection contre le variant sud-africain (B.1.351) que contre les autres variants du coronavirus. Les résultats indiquent donc que le variant sud-africain est capable, dans une certaine mesure, de franchir les défenses du vaccin Pfizer, mais compte tenu du fait que sa prévalence reste faible parmi la population globale, cette capacité est probablement limitée.
Seulement 1% de l’ensemble des cas de contamination en Israël
L’étude a également comparé la capacité du variant britannique (B.1.1.7) et de la souche d’origine du virus, à contourner les défenses du vaccin. D’après les données, il n’existe aucune aucune différence entre les taux de contamination par ces deux variants parmi les personnes non vaccinées et celles complètement vaccinées (c’est-à-dire au moins une semaine après la deuxième dose). Cependant, chez les 250 personnes contaminées partiellement vaccinées (de deux semaines après la première dose à une semaine après la deuxième dose), le taux du variant britannique était remarquablement plus élevé que chez les personnes non vaccinées, parmi lesquelles le virus d’origine était beaucoup plus fréquent.
Il est important de signaler qu’après deux doses du vaccin le taux de prévalence du variant britannique, aujourd’hui responsable de la plupart des contaminations en Israël, a baissé de manière significative. Cela signifie qu’il parvient à franchir dans une certaine mesure les défenses du vaccin après la première injection, mais plus après la deuxième.
«Nous avons examiné la résistance au vaccin Pfizer des différents variants du virus trouvée en Israël : britannique et sud-africain », explique le Prof. Adi Stern. «Nous voulions savoir si, parmi les personnes vaccinées contaminées, le taux de contamination par ces variants était plus élevé, et malheureusement la réponse est oui: nous avons trouvé un taux beaucoup plus élevé du variant sud-africain parmi les personnes totalement vaccinées infectées. Cela signifie que le variant sud-africain est capable, dans une certaine mesure, de franchir la protection du vaccin ». Le Prof. Stern souligne cependant que la prévalence de ce variant reste rare au sein de la population vaccinée : « L’étude ne permet pas de connaitre avec précision le niveau de protection du vaccin contre le variant sud-africain, car sa prévalence en Israël reste extrêmement faible, environ 1% de l’ensemble des cas de contamination. Ce faible taux de prévalence est très encourageant, car il signifie que même si le variant sud-africain parvient à contourner la protection du vaccin, il n’arrive pas à se propager parmi la population, contrairement au variant britannique, qui représente actuellement la grande majorité des cas de Covid-19 en Israël ». Elle ajoute que l’une des explications possibles de ce phénomène est que la diffusion extensive du variant britannique bloque celle du variant sud-africain.
Contenir la propagation du virus
Selon le Prof. Shay Ben-Shachar Directeur de l’unité de médecine personnalisée chez de la Clalit Innovation : « Les résultats de cette étude montrent l’importance d’étendre le séquençage génétique des cas confirmés, afin de détecter toute future flambée du variant sud-africain ou d’autres nouveaux variants. Ils indiquent que nous ne pouvons pas encore considérer la pandémie terminée, et qu’il reste important de continuer de pratiquer la distanciation sociale et de porter des masques ».
«Il s’agit d’une étude très importante, la première au monde basée sur des données « réelles », montrant que le vaccin est un peu moins efficace contre le variant sud-africain, qu’à la fois contre le virus d’origine et le variant britannique », commente le Dr. Doron Netzer, responsable de l’unité de médecine communautaire de la Clalit. « Les résultats indiquent la nécessité d’un séquençage génétique et d’une surveillance constante des nouveaux variants, ainsi que de la poursuite de la mise en œuvre de mesures préventives ».
Le Prof. Ran Balicer, Directeur de l’Institut de recherche de la Clalit, ajoute: « La méthode de recherche que nous avons appliquée, notamment en séquençant en parallèle le virus de 400 « couples » de patients contaminés vaccinés et non vaccinés présentant les mêmes caractéristiques, nous a permis de contourner certaines sources de biais potentiels associés à de telles comparaisons. En gardant à l’esprit la taille de l’échantillon de l’étude, la fréquence du variant sud-africain parmi les personnes contaminées malgré le vaccin indique avec une forte probabilité que l’efficacité du vaccin est moindre en situation réelle pour le variant sud-africain B.351. Nos résultats sont compatibles avec des études publiées sur des tests sur les anticorps neutralisants, provenant de laboratoires en Israël et dans d’autres pays. Ces résultats préliminaires doivent retenir l’attention sur la diffusion de cette souche en Israël, et soulignent la nécessité d’une surveillance épidémiologique et d’un séquençage systématique pour contenir sa propagation ».
Les résultats de l’étude ont été publiés sur medRvix.com et un examen par des pairs est en cours.
Auteur : Sivan Cohen-Wiesenfeld, PhD, Rédac’chef de la newsletter des Amis français de l’Université de Tel Aviv